Uskikkelige Nils blir forvandlet til en bitteliten gutt for å bli mer snill mot dyra.
Som straff for sine ugjerninger mot dyrene på gården, blir Nils Holgersson tryllet om til en liten pusling av husnissen på gården. Nå er han ikke lenger stor og tøff!
Liten og forsvarsløs forsøker han å hindre den tamme gåsa Mårten fra å forlate gården og følge de ville gjessene nordover. Han blir sittende fast og tvunget opp i luften.
Dette er starten på et fantastisk eventyr gjennom Sverige.